Première guerre (1621-1622). Une assemblée nationale des Églises réformées s’était réunie à la Rochelle. L’assemblée de la Rochelle proteste contre l’annexion du Béarn et organise des levées de taxes et de soldats et fait même appel à la protection du roi d’Angleterre. Louis XIII se met en campagne en avril 1621. Après queques victoires et poursuivant son avantage l’armée royale occupe les places protestantes de Guyenne et pousse jusqu’à Montpellier dont elle fait le siège sans succès. En octobre 1622, sous les murs de Montpellier, le roi accorde un traité aux protestants. Une amnistie couvre tous les faits de guerre de 1621 à 1622. Les protestants doivent démanteler de nombreux sites fortifiés et renoncer à tenir garnison dans certaines de leurs places de sûreté. Le roi entre dans Montpellier. L’assemblée de la Rochelle accepte les termes du traité et se disperse.

  Deuxième guerre (1624-1625). La paix de Montpellier en 1622 n’était de fait qu’une trêve. Au début de 1624 les hostilités reprennent lors d’un coup de main de la flotte de la Rochelle dans la rade du fleuve Blavet, près de Lorient. Au début 1625, Soubise prend le contrôle de tous les ports des îles de Ré et d’Oléron au large du littoral charentais. En 1625, le conseil du roi, dans lequel Richelieu était entré comme ministre dès 1624, lance trois expéditions. Un accord de réconciliation est conclu en 1626 grâce à l’entremise des Anglais. Louis XIII maintient aux protestants les « privilèges » de l’édit de Nantes mais impose à la Rochelle la présence d’un commissaire pour y contrôler le conseil de la ville.

  Troisième guerre (1627-1629). En 1627, l’Angleterre se déclare protectrice des réformés français. À partir de mars 1627, le duc de Buckingham prépare une expédition navale anglaise contre la France avec plus de 80 vaisseaux et 10 000 hommes. Une contre-offensive royale oblige l’escadre anglaise à se retirer en octobre 1627. À partir d’août 1627, Richelieu organise le siège de la Rochelle. Le blocus est réalisé grâce à une tranchée fortifiée de 12 km complétée par une digue de 1 800 m constituée de bateaux coulés en mer. En mars 1628, la Rochelle repousse un assaut des troupes royales. En octobre 1628 la Rochelle, épuisée par la famine, se rend après plus d’un an de défense héroïque organisée par son maire. Les places fortes du Languedoc à capitulent et Louis XIII met le siège devant Alès (Gard) qui se rend en juin 1629.